Lietuvos Respublikos liberalų sąjūdžio Varėnos rajono skyrius buvo įsteigtas 2006 m. balandžio 2 d. Steigiamajame susirinkime dalyvavo ir už skyriaus įsteigimą balsavo 30 iniciatyvinės grupės narių. Susirinkime buvo priimti skyriaus nuostatai, išrinkta 11 narių taryba, skyriaus pirmininkas, jo pavaduotojas, skyriaus sekretorė, iždininkė ir kontrolės komisija. Skyriaus pirmininku buvo išrinktas gydytojas kardiologas tuometis Varėnos rajono tarybos narys Valdas Kukulskis.

2007 m. skyrius dalyvavo savivaldybių rinkimuose. Į Varėnos rajono savivaldybės tarybos rinkimus iškėlėme 20 kandidatų, tarp kurių buvo ir 4 nepartiniai, bet LRLS programai pritariantys varėniškiai. Du liberalų sąjūdžio sąrašo kandidatai pateko į rajono savivaldybės tarybą. Tai jau penktą kadenciją renkamas nepartinis Vytautas Kuklys ir skyriaus pirmininko pavaduotojas Kęstutis Budėnas.